Indonesia gồm 13.487 hòn đảo, khoảng 6.000 trong số đó không có người ở.[39] Các hòn đảo nằm rải rác ở cả hai phía đường xích đạo. Năm hòn đảo lớn nhất là Java, Sumatra, Kalimantan (phần Borneo thuộc Indonesia), New Guinea (cùng chung với Papua New Guinea), và Sulawesi. Indonesia có biên giới trên bộ với Malaysia trên hòn đảo Borneo và Sebatik, Papua New Guinea trên đảo New Guinea, và Đông Timor trên đảo Timor. Indonesia cũng có chung biên giới với Singapore, Malaysia, và Philippines ở phía bắc và Australia ở phía nam bằng một dải nước hẹp. Thủ đô, Jakarta, nằm trên đảo Java là thành phố lớn nhất nước, sau đó là Surabaya, Bandung, Medan, và Semarang.[40] Với đặc điểm địa lý trên, Indonesia được mệnh danh là "Xứ sở vạn đảo".Tập tin:Rayuanpulaukepala:ogg|thumb|

Với diện tích 1.907.540 km² (741.050 dặm vuông), Indonesia là nước đứng thứ 14 trên thế giới về diện tích đất liền.[41] Mật độ dân số trung bình là 142 người trên km² (347 trên dặm vuông), đứng thứ 80 trên thế giới,[42] dù Java, hòn đảo đông dân nhất thế giới,[43] có mật độ dân số khoảng hơn 1000 người trên km² (2.435 trên dặm vuông). Nằm ở độ cao 4.884 mét (16.024 ft), Puncak Jaya tại Papua là đỉnh cao nhất Indonesia, và hồ Toba tại Sumatra là hồ lớn nhất, với diện tích 1.145 km² (442 dặm vuông). Các con sông lớn nhất nước này nằm ở Kalimantan, và gồm các sông Mahakam và Barito; những con sông này là các đường giao thông quan trọng nối giữa các khu định cư trên đảo.[44]

Núi Semeru và Núi Bromo tại Đông Java. Hoạt động kiến tạo và núi lửa Indonesia ở mức cao nhất trên thế giới.

Indonesia nằm trên các rìa của các mảng kiến tạo Thái Bình Dương, Âu Á, và Úc khiến nước này trở thành nơi có nhiều núi lửa và thường xảy ra các vụ động đất. Indonesia có ít nhất 150 núi lửa đang hoạt động,[45] gồm cả Krakatoa và Tambora, cả hai núi lửa này đều đã có những vụ phun trào gây phá hủy lớn trong thế kỷ XIX. Vụ phun trào siêu núi lửa Toba khoảng 70.000 năm trước, là một trong những vụ phun trào lớn nhất từng xảy ra, và là một thảm họa toàn cầu. Những thảm họa gần đây liên quan tới hoạt động kiến tạo gồm vụ sóng thần năm 2004 đã giết hại tổng cộng gần 230.000 người[46] và khoảng 168.000 người tính riêng phía bắc Sumatra,[47] và trận động đất Yogyakarta năm 2006. Tuy nhiên, tro núi lửa là một yếu tố đóng góp vào sự màu mỡ của đất trong lịch sử từng giúp nuôi sống mật độ dân cư dày tại Java và Bali.[48]

Nằm dọc theo xích đạo, Indonesia có khí hậu nhiệt đới gió mùa, với hai mùa mưa và khô riêng biệt. Lượng mưa trung bình hàng năm tại các vùng đất thấp khoảng từ 1.780–3.175 milimét (70–125 in), và lên tới 6.100 milimét (240 in) tại các vùng núi. Các vùng đồi núi—đặc biệt ở bờ biển phía tây Sumatra, Tây Java, Kalimantan, Sulawesi, và Papua—có lượng mưa lớn nhất. Độ ẩm nói chung cao, trung bình khoảng 80%. Nhiệt độ ít thay đổi trong năm; khoảng nhiệt độ ngày trung bình tại Jakarta là 26–30 °C (79–86 °F).[49]

Rừng nhiệt đới ẩm chiếm gần 2/3 diện tích lãnh thổ. Đất canh tác 8% (3% được tưới), đồng cỏ 10%, rừng và cây bụi 67%, các đất khác 15%. Khoáng sản chính: dầu khí, thiếc, niken, bauxit, đồng, than, vàng, bạc.

Sinh thái

Đười ươi Sumatra một loài linh trưởng lớn đặc hữu của Indonesia có nguy cơ tuyệt chủng cao

Diện tích, khí hậu nhiệt đới cùng với hình thế địa lý quần đảo của Indonesia khiến nước này có mức độ đa dạng sinh học đứng thứ hai thế giới—chỉ sau Brazil[50]— và hệ động thực vật của nó là sự pha trộn của các giống loài châu Á và Australasia.[51] Khi còn kết nối với lục địa châu Á, đảo thềm Sunda (Sumatra, Java, Borneo, và Bali) có hệ động vật châu Á rất phong phú. Các loài thú lớn như hổ, tê giác, đười ươi, voi, và báo, từng hiện diện với số lượng lớn tới tận phía đông Bali, nhưng số lượng và diện tích phân bố của chúng đã giảm mạnh, đặc biệt ở Indonesia có loài Rồng komodo (Varanus komodoensis) là loài thằn lằn lớn nhất thế giới, chiều dài con lớn trung bình 2–3 m. Đây là một loại thuộc họ kỳ đà, (Varanidae), và sống trên nhiều đảo của Indonesia, năm 2011 con vật này đã được chọn làm biểu tượng linh vật của SEA Games 26. Rừng bao phủ khoảng 60% đất nước.[52] Tại Sumatra và Kalimantan, có rất nhiều loài động vật châu Á. Tuy nhiên, rừng đang suy giảm, và số lượng dân cư đông đảo tại Java càng khiến tình trạng phá rừng tăng cao lấy đất sinh sống và canh tác. Sulawesi, Nusa Tenggara, và Maluku—từng tách rời khỏi lục địa từ lâu—đã phát triển hệ động thực vật của riêng mình.[53] Papua từng là một phần của lục địa Úc, và là nơi có hệ động vật duy nhất có liên quan gần gũi với hệ động thực vật Australia, với hơn 600 loài chim.[54]

Mặc dù có mùi hôi rất nồng nặc và khủng khiếp giống như mùi thịt rữa, Rafflesia arnoldii vẫn được chọn là một trong ba quốc hoa của Indonesia

Indonesia đứng thứ hai chỉ sau Australia về mức độ loài đặc hữu, với 26% trong tổng số 1.531 loài chim và 39% trong tổng số 515 loài có vú là động vật đặc hữu.[55]Bờ biển dài 80.000 kilômét (50.000 dặm) của Indonesia được bao quanh bởi các biển nhiệt đới cũng đóng góp vào mức độ đa dạng sinh thái cao của nước này. Indonesia có nhiều hệ sinh thái biển và bờ biển, gồm các bãi biển, đụn cát, cửa sông, bãi lầy, rặng san hô, bãi cỏ biển, bãi bùn ven biển, bãi thuỷ triều, bãi tảo, và các hệ sinh thái nhỏ trong đất liền.[5] Nhà tự nhiên học người Anh, Alfred Wallace, đã mô tả về một đường ranh giới phần bố giữa các loài châu Á và châu Úc.[56] Được gọi là đường Wallace, chạy gần theo hướng bắc nam dọc theo cạnh Thềm Sunda, giữa Kalimantan và Sulawesi, và dọc theo Eo Lombok sâu, giữa Lombok và Bali. Phía tây đường này hệ động thực vật mang nhiều đặc điểm châu Á; về phía đông Lombok, hệ động thực vật dần mang đặc điểm Australia. Trong cuốn sách The Malay Archipelago năm 1869, Wallace đã miêu tả nhiều loài động vật duy chỉ có ở vùng này.[57] Vùng đảo giữa đường Wallace và New Guinea hiện được gọi là Wallacea.[56]

Dân số cao và cuộc công nghiệp hóa nhanh chóng của Indonesia đặt ra nhiều vấn đề môi trường nghiêm trọng và thường không được chú trọng nhiều vì mức độ nghèo đói cao cũng như sự quản lý yếu kém với các nguồn tài nguyên.[58] Các vấn đề này gồm phá rừng trên quy mô lớn (đa số là trái phép) và những trận cháy rừng gây ra những đám khói dày che phủ nhiều vùng phía tây Indonesia, Malaysia và Singapore; khai thác quá mức các nguồn tài nguyên biển; và các vấn đề môi trường đi liền với sự đô thị hóa và phát triển kinh tế quá nhanh, gồm ô nhiễm không khí, tắc đường, quản lý rác, và xử lý nước thải.[58] Phá hủy môi trường sống đe doạ sự tồn tại của các loài bản địa và đặc hữu, gồm 140 loài thú có vú được Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế (IUCN) xác định là đang bị đe dọa, và 15 loài được coi là bị đe dọa tuyệt chủng, gồm cả đười ươi Sumatra (Sumatran Orangutan).[59]